Основното си образование завършва в родното селище, а средното в Гимназията – Райково. През 1948 г. е приет в Националната художествена академия – София и е ученик на проф. Илия Петров. Завършва специалността живопис през 1954 г. при проф. Дечко Узунов. Пет години работи в Студито на военните художници, а от 1961 г. е преподавател в Националната художествена академия. През 1973 г. е хабилитиран доцент, а от 1985 г. е професор по живопис и рисуване. Два мандата избиран за декан и зам. декан на Факултета за изящни изкуства.

Художникът – педагог Михаил Карапаунов участва активно в живота на СБХ. Негови картини се съхраняват в много галерии, включително и в Националната художествена галерия – София. Участвал е в колективни изложби в Москва, Букурещ, Будапеща, Прага, Берлин и др.

Той е създател на първата селска художествена галерия – в родното му село Момчиловци.

През 2005 г. проф. Михаил Карапаунов е удостоен със званието ,,Почетен гражданин на град Смолян”.